Một thông báo từ Kaito Kid đã được gửi tới nhà kho của Onoe Zaibatsu ở Hakodate, Hokkaido. Mục tiêu của Kid lần này là một thanh kiếm Nhật có liên quan đến Hijikata Toshizō, phó chỉ huy của Shinsengumi sống vào cuối thời Edo. Tại sao Kid, người đang theo đuổi Những viên kim cương lớn, lại nhắm đến thanh kiếm? Trong khi đó, Heiji Hattori, một thám tử đến từ phương Tây, cùng Conan và những người bạn của anh cũng đang đến Hakodate để tham gia một giải đấu kiếm đạo và vào ngày nhận được thông báo tội phạm, Heiji đã nhìn thấu thành công lớp ngụy trang của Kid và dồn cậu ta lại, nhưng... Cùng lúc đó, một thi thể có vết cắt hình chữ thập trên ngực được tìm thấy ở khu nhà kho Hakodate. Qua cuộc điều tra, họ phát hiện một người đàn ông Mỹ gốc Nhật được mệnh danh là "Thương gia tử thần", đang hoạt động buôn bán vũ khí khắp châu Á. Anh ta đang tìm kiếm một kho báu được cho là đã cất giấu ở đâu đó tại Hakodate bởi người đứng đầu đầu tiên của gia tộc Onoe, người có liên quan sâu sắc đến ngành quân sự trong chiến tranh. Cũng có tin đồn rằng đó là loại vũ khí mạnh đến mức có thể thay đổi hoàn toàn cục diện cuộc chiến mà Nhật Bản gần như thất bại vào thời điểm đó... Và có vẻ như kho báu và thanh kiếm mà Kid đang nhắm đến có liên quan với nhau, khi Kid đang nhắm đến thanh kiếm thì bóng dáng của một “kiếm sĩ” bí ẩn tiến lại gần…
